羊水穿刺染色體異常胎兒，部分可以保留但部分不能保留，因為羊水穿刺要對46條即23對染色體中每一條染色體進行檢測。明確疾病後，根據不同疾病判斷胎兒是否可以保留，常見如下所示：

1、21-三體綜合徵：若患兒存在21-三體綜合徵，則不能保留胚胎，因患21-三體綜合徵患兒出生以後生活無法自理；

2、5號染色體異常：若5號染色體某一片段出現問題，出現貓叫綜合徵可能影響存活，因此不能保留；

3、部分染色體異常：如45xO即X染色體缺失一條，但胎兒發育正常，稱特納氏綜合症，胎兒可以存活則可以保留；

4、性染色體異常：對於47XYY或47XXX，稱超雌綜合徵、超雄體綜合徵，此種性染色體異常的胎兒多數可以存活。

因此，染色體異常需觀察類型以及片段缺失、重複，是否為微缺失、微重複以及是否可能致病等，建議諮詢遺傳專家後決定胎兒保留與否。