羊水穿刺的流產風險約為1/200，但事實是工作中並不存在如此的概率。因為對穿刺的指徵要求非常嚴格，感冒、咳嗽或存在先兆流產風險的孕婦，均不建議行羊水穿刺，所以風險也可較大程度降低。

但是有時確實難以避免，比如胎兒存在異常、流產的跡象，但是並未表現出來，一旦穿刺刺激嬰兒後，較快便會出現流產的徵象，但羊水穿刺的風險全世界各地基本均為如此。