羊水穿刺的準確率比較高約為99%。由於羊水穿刺是從羊水中分離胎兒的細胞進行培養，或進行芯片檢查，培養部分可分析胎兒核型，觀察數目有無異常、有無結構異常，而芯片可檢查出微缺失、微重複，所以羊水穿刺是目前公認準確率較高的一種方法。

此外，穿刺及培養是否成功，與所在醫院技術水平有關，因羊水穿刺是比較容易掌握的技術，如果技術水平已達到羊水穿刺，則失敗率較少。從培養角度而言即實驗室進行細胞培養時，特殊情況下由於母血汙染等，可導致培養失敗，但多數情況下可培養成功。通常進行羊水穿刺時存在一定指徵，如既往生育的胎兒異常，或者年齡＞35歲、出現胎兒畸形時，需要進行羊水穿刺。