絨毛穿刺和羊水穿刺的最大區別為時間段不同，具體如下：

1、絨毛穿刺：主要從胎盤內取出絨毛，從而分析胎兒的染色體，一般在11-14周階段可以進行穿刺；

2、羊水穿刺：主要通過對脫落到羊水內的胎兒細胞進行分離培養，從而做染色體的核型分析，一般在16-26周階段可以做羊水穿刺。

絨毛穿刺和羊水穿刺，均可以進行染色體的核型分析或染色體的芯片檢查，二者均為有創的產前診斷。絨毛穿刺要求高於羊水穿刺，也比羊水穿刺難度更大，但絨毛穿刺的優點在於可以早期診斷，早期指導，如13周時發現染色體異常，經過培養以後就可以終止妊娠，而羊水穿刺幾乎比絨毛穿刺晚3周左右，處理時間也會更晚。