如果有發熱病史，正在發燒，不適合羊水穿刺；羊水穿刺從腹部扎針，因為生殖道相通，如果陰道有炎症，抵抗力降低時，有可能會引起宮內感染，從而導致流產；
已經有陰道出血先兆流產時，也不適合做穿刺，因為穿刺針通過腹壁到子宮中、羊膜腔內，相當於給子宮造成了很強的刺激。如果有流產徵兆或者流產先兆，再加上刺激，很有可能由先兆流產變成難免流產，最後導致真正流產。
所以有不適合穿刺的合併症或者併發症，如血小板減少。血小板減少時，凝血功能有異常，針孔容易出血，可能導致胎盤早剝等危險發生。因此是否適合羊水穿刺，最好由有產前診斷資質的機構判斷。