孕期不建議接種HPV疫苗，如果正在注射HPV疫苗，同時發現懷孕，可以暫停接種，等哺乳期結束後再完成餘下的免疫程序。接種HPV疫苗後可以馬上懷孕，無需等待。對於過敏體質、感冒、發燒、免疫力低下的患者，不建議接種HPV疫苗。HPV疫苗接種前無需檢測有無HPV感染。

如果接種被迫中斷，無論任何時候再次啟動均有效，不需要重新接種，只要繼續接種剩下的劑次即可。目前已經上市的HPV疫苗只有預防作用，不具有治療作用。此外，接種九價HPV疫苗後只能預防90%的宮頸癌，不能預防100%，因此有性生活的女性還要進行常規宮頸癌篩查。