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育齡婦女在懷孕過程中發現的結核病稱為妊娠結核病，因胎兒會加重母體負擔，抗結核藥物可能有至畸作用，故妊娠合併結核病治療起來是較為困難。如果三個月以內的妊娠合併結核病，患者病情比較嚴重，建議母親進行流產處理；而懷孕三個月以上的患者可使用一線抗結核藥物進行治療，但這一類的 藥物可以少量通過胎盤，在胎兒的體內有少量的蓄積，存在一定致畸風險。
妊娠合併肺結核的患者，應於專業的結防機構進行檢測和診治，通過痰液和肺部檢查來診斷。如果在痰液裡能夠找到結核分枝桿菌以及發現結核分枝桿菌的DNA片段，有利於及時、早期確診肺結核。做胸部X線及CT檢查時，需要權衡利弊，在專業醫師的指導下進行，妊娠3個月以後，可以在 有鉛衣保護胎兒的情況下，進行X線的檢測。
病情較輕的患者，可待分娩後或中期妊娠時再治療，但存在一定風險，應徵得患者同意方可進行等待；而妊娠三個月以上的患者可以進行藥物治療，一線用藥包括異煙肼、利福平、吡嗪酰胺以及乙胺丁醇，均相對安全，但患者如合併耐多藥結核病，需使用阿米卡星這一類的氨基糖甙類藥物，則 有明顯的致畸作用，建議患者從優生優育的角度終止妊娠。
肺結核不是遺傳病，妊娠合併肺結核時，不會遺傳給胎兒，但重症結核患者的結核菌可通過血液進行垂直傳播，故通常要對重症結核病妊娠患者胎兒進行檢測。從優生優育的角度來講：孕早期、孕3個月以上的重症患者以及不能耐受抗結核藥的患者，通常建議終止妊娠，但對於要求繼續妊娠或有不孕風險的患者，治療過程中需長期追蹤、隨訪。但臨床上也有經規範治療後生產出健康新生兒的病例，因此患者不必過於緊張。