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新生兒腦炎有後遺症。兒童腦炎總體病死率約為10%左右，高達50%的患者會經歷一個短期的意識或者活動障礙。20%兒童腦炎會遺留嚴重的後遺症。目前對於腦炎的遠期預後特點了解相對較少，神經及認知後遺症可能被低估了。通常說的小嬰兒，就是新生兒腦炎，將來可能會出現腦積水，合併腦性癱瘓、運 動障礙、語言障礙、智力低下、癲癇這些後遺症，所以兒童患上腦炎之後，要定期進行復查、隨訪，神經內科大夫會推薦去神經康復科進行康復評定。要注意觀察患兒的語言、智力運動方面情況，及時預防併發症、後遺症的發生。
通常說的兒童腦炎恢復期，高峰期在6-12個月左右。實際上最關鍵時期，大夫治療經驗判斷，一般就是病後3個月，是非常好的康復治療時機。康復治療包括很多種，通常孩子合併運動障礙，就要進行運動療法，即作業療法、按摩、等速肌力訓練，蠟療、磁 療這些綜合康復。如果孩子合併癲癇，可能要請神經內科進行會診，進行抗癲癇的正規治療。合併認知語言倒退，要進行語言方面康復，語言引導，進行正規康復，促進語言、認知能力的恢復。
正常的孩子的發育，一般2個月左右，孩子頭抬起來會較穩，3-4個月孩子能夠翻身，5-6個月孩子會坐，8-9個月孩子會爬。如果孩子3個月，家長抱的時候，孩子頭比較軟，不能豎直，或使勁往後面打挺，這時提示孩 子可能存在腦損傷。此外，3-4個月孩子頭不能豎穩，除考慮腦損傷外，還有可能是別的疾病導致，比如甲狀腺功能低下的孩子，不僅頭軟、腰軟，胳膊、腿都軟；還有一些先天性疾病，比如21-三體綜合徵，即唐氏兒，這樣的孩子在發病早期也會表現出肢體軟、頭軟無力、腰軟無力。所以3-4個月寶寶不能抬頭，除考慮腦損傷外，需要考慮甲狀腺功能低下、唐氏綜合徵，還有一些遺傳代謝方面疾病，需要進一步進行診斷。