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輸尿管和膀胱連接部有夥伴作用，類似單向閥門允許尿液從輸尿管進入膀胱，而不能反向從膀胱進入輸尿管。輸尿管進入膀胱之後，有膀胱壁內段，走行在膀胱黏膜下方，起到抗反流作用。即黏膜下移行段本身長度和輸尿管管徑比 例要達到1:5或者1:4。移行段前方和後方都需要有充足支撐，當尿液儲存到一定程度要排尿時，來自尿液膀胱內的壓力通過其前方，通過黏膜往下起到壓縮輸尿管壁內段的作用。同時後方膀胱逼尿肌對其提供充足後壁支持，兩者一起作用造成輸尿管壓縮，防止尿液反流。
膀胱輸尿管反流會導致反覆尿路感染，尤其發熱尿路感染會導致腎臟病變，形成腎臟疤痕，嚴重時可以導致繼發患者成年之後的高血壓以及慢性腎功能衰竭。反覆尿路感染在膀胱輸尿管反流的患兒中常見，膀胱輸尿管反流共分為五級，數字越大代表反流級別越高，出現反流消退的時間長，產生瘢痕的可能性大，導致腎病的損害嚴重程度大，甚至會導致腎臟發育遲緩。特別是雙側高級別的反流會導致腎病的可能性更大，甚至有少數孩子需要手術治療。
小兒原發性膀胱輸尿管反流主要是指因為膀胱壁段輸尿管過短等因素引起的輸尿管口閉合不全，抗反流機制缺失導致輸尿管腎上尿路積水。其主要臨床表現為上尿路反覆感染，甚至形成腎瘢痕，嚴重影響腎功能，最終導致腎功能衰竭。根據 病情嚴重與否分為5個程度。隨著年齡增長，多數1-3度患者通過保守治療可自行痊癒，4-5度患者自行緩解的幾率較小，需進行抗癌治療，若出現腎瘢痕加重，需進行抗反流手術。