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如果頭皮毛囊炎比較嚴重，首先並不是推薦特別好洗髮水，而是進行積極治療，可以口服抗生素並外用抗生素軟膏，將毛囊炎基本控制以後，其次再選擇一款常用的洗髮水。例如部分洗髮水可能有一定抗炎成分，可以選擇此類洗髮水進行洗髮。
利拉萘酯乳膏可以用來治療馬拉色菌毛囊炎，馬來色菌毛囊炎的病因是馬拉色菌，是一種刺激性真菌，容易在出汗多的地方，如胸部、背部以及皮脂腺分泌比較旺盛的位置滋生。利拉萘酯乳膏是角鯊烯環氧化酶的藥物，可以抑制真菌的細 胞膜合成，影響真菌結構的穩定性，達到消滅真菌的目的，毛囊炎也會消退。
單純性毛囊炎最好選擇抗生素類藥膏，如夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏、紅黴素軟膏、金黴素軟膏等。毛囊炎通常是細菌感染引起的皮膚表現，所以用抗細菌的藥膏可以起到比較好的效果。但是有一種特殊情況，即馬拉色菌毛囊炎，好發於胸前部位，通常是多發綠豆大小的小丘疹，此類毛囊炎是真菌感染引起，此時用百多邦軟膏、夫西地酸乳膏通常不能達到很好的治療效果，此時需要使用抗真菌的藥膏，如酮康唑、咪康唑類軟膏，才能起到治療的作用。
外陰有毛囊炎可用抗生素類軟膏進行治療，如夫西地痠軟膏、莫匹羅星軟膏，以及紅黴素、金黴素軟膏，均可起到殺菌作用，故可用於治療外陰的毛囊炎。毛囊炎指毛囊及其周圍組織的炎症反應，較容易發生在毛囊和皮脂腺較豐富的部位。除外陰外，還有面部、胸部、背部，均為毛囊炎的好發部位，主要臨床表現是在好發部位出現紅色的隆起丘疹，按壓有觸痛感，起初丘疹較硬，但隨著內部炎症逐漸成熟，在頂端可出現小膿皰，膿皰乾涸後即可形成膿痂，膿痂脫落後，皮損自然痊癒，痊癒後一般不留印跡。
穿掘性毛囊炎屬於比較重的毛囊炎，要口服抗生素，比較常用的抗生素是米諾環素或者多西環素，至少吃2周左右以上，觀察毛囊炎情況，需要系統治療，局部也應該進行處理，具體內容如下：
面部毛囊炎用抗生素眼膏治療有效。毛囊炎是細菌通過毛囊口進入毛囊，在裡面生長、增殖，引起的炎症。毛囊炎症的主要細菌是正常定殖在皮膚表面的細菌，比如金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌，以及痤瘡丙酸桿菌或鏈球菌等，通過毛囊進入深部皮膚生長、繁殖，破壞皮膚組織，引起炎症。