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皰疹性咽峽炎由腸道病毒感染引起，常見於柯薩奇病毒感染，或腸道病毒71型(EV71病毒)感染所致。皰疹性咽峽炎的治療主要是以口服抗病毒藥物和對症治療為主，如果感染的症狀較重，可以進行輸液治療，常用藥物有以下三種：
單純皰疹病毒1型IgG陽性要結合其它情況進行判斷是否嚴重，若只有IgG陽性，IgM檢查陰性，提示既往感染過單純皰疹病毒1型，是既往感染抗體指標。如果IgG陽性，同時IgM也陽性，可能會是現症感染情況。這時若有皮損，可以給予相應抗病毒治療 ，如抗病毒口服藥物、抗病毒的外用軟膏進行聯合治療。
單純皰疹病毒2型IgG陽性提示既往感染情況，如果IgG陽性，同時又有IgM陽性，可能是現症感染情況。單純皰疹病毒分為1型和2型，1型皰疹病毒一般感染口唇部位皮膚黏膜交界處，也有可能感染到身體其它部位甚至生殖器。
單純皰疹病毒1型主要感染在口唇、頭面部區域，也可感染在身體其它部位，甚至包括外陰生殖器，感染之後可能會出現皰疹，伴有疼痛症狀。治療上一般要根據症狀來選擇對應治療方式。如可以選擇口服抗病毒藥物，如阿昔洛韋、泛昔洛韋等，也 可以選用外用抗病毒軟膏，如阿昔洛韋或者噴昔洛韋等，也可以選擇外用抗病毒溶液進行對症治療。
EB病毒感染可以自愈，其屬於皰疹病毒，主要通過密切接觸及呼吸道途徑傳播。EB病毒感染後表現為急性過程，如出現高燒，突然出現咽頰炎、皮疹，還可以引起肝脾腫大，屬於自限性疾病。但發燒時要比一般病毒發燒時間長，可達14-30天，甚至更長時間。
單純皰疹病毒感染主要引起單純皰疹，可分為Ⅰ型和Ⅱ型兩種亞型，其中Ⅰ型主要引起生殖器以外的單純皰疹，Ⅱ型主要引起生殖器皰疹。生殖器皰疹屬於性傳播疾病，主要發生在外生殖器以及肛門周圍。Ⅰ型單純皰疹發生部位比較廣泛，而且可以分為原發感染和復發感染兩類。