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在以往做腸鏡之前喝的清腸藥種類非常多，有番瀉葉、甘露醇、甘油。現在腸鏡發展非常迅速，有的在內鏡下需要做電切、電凝，甚至其它手術會用到電刀，甘露醇就不可再使用，因為如果應用甘露醇清腸，用電刀的時候有可能發生 爆炸，所以現在主要用複方聚乙二醇電解質散。
患者胃腸功能紊亂不想通過藥物治療，針灸可以治療胃腸功能紊亂，雖然無副作用但存在疼痛，部分患者不能接受。臨床建議患者服用益生菌，因益生菌含有胃腸道有益菌群，益生菌代謝可產生酸，調節腸道酸鹼平衡，可以改善胃腸道內 環境，阻止致病菌、毒素在胃腸道粘附和侵入。所以少量服用益生菌可改善胃腸內環境，清除致病因素，促進胃腸蠕動。一般建議服用益生菌。
膠囊內鏡又稱醫用無線內鏡，受檢者通過口服內置攝像與信號傳輸裝置的智能膠囊，藉助消化道蠕動使之在消化道內運動並拍攝圖像，醫生利用體外圖像記錄儀與影像工作站，瞭解受檢者整個消化道情況，從而對患者病情作出診斷，膠囊內鏡優點在於以下幾點 ：