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腸道菌群失調時腸道環境被打破，腸道本身會出現症狀，如大便習慣改變、腹脹，也可能會出現其他系統問題。但腸道菌群失調與疾病之間的關係尚不明確，若確定某種細菌與疾病有關，則可能是感染性疾病，而非腸道菌群失調。
腸道菌群可以自我調節，腸道內有成千上萬、各種各樣的菌，複雜多樣菌群的調節能力較好，即便是環境變化、飲食變化，會暫時影響到某些菌群的生存條件，對整個菌群的大環境而言，通過自身調節，即可較快恢復正常。腸道菌群是較為穩定的生態 系統，少數情況下才會出現致病性紊亂。
肛腸疾病有較多種，具體可能有痔瘡、肛裂、肛瘻、肛周膿腫、肛門瘙癢等常見的肛腸疾病。肛腸疾病所導致的症狀多種多樣，症狀表現具體如下：
兒童腸鳴指肚子咕嚕咕嚕叫，頻率較高、響聲較大。兒童腸壁相對較薄，如果腸蠕動活躍，即可聞及腸鳴音，屬於正常表現。如果腸鳴音比較明顯，需注意腸鳴音是近期出現，還是一直均存在。如果一直存在，且無其它表現，也屬於正常現象。如果出現腸鳴音明 顯亢進，要注意是否合併器質性疾病，具體如下：
小腸鏡是檢查小腸的器具，包括膠囊腸鏡和雙氣囊小腸鏡。膠囊小腸鏡的優點是患者做的舒服，因為只要吞一顆膠囊即可，膠囊隨著胃腸道蠕動會緩慢下移。缺點是拍攝圖像不清晰，發現病灶也無法活檢。
通常腸鏡均是指大腸鏡，大腸鏡從肛門進入。小腸鏡有一部分是從肛門進入，有一部分是從口腔進入。從肛門進入的過程中是逆向走行，正向走行是從胃到小腸到大腸。
腸鏡有無痛檢查方法，有痛和無痛檢查過程相同。無痛腸鏡檢查需要打麻藥，即鎮靜劑或者止痛藥，有助於患者耐受檢查時的疼痛。通常不建議進行無痛腸鏡檢查，但不做無痛腸鏡檢查的前提是檢查醫生水平足夠高。
腸鏡檢查當天不能進行，因為腸鏡檢查有腸道準備過程。通常當天就診到開具檢查的時間較長，而且腸道準備並不是立即能準備好。
腸鏡檢查所需時間與醫生技術水平、患者腸特性有關。部分患者的腸遊離度大、腸相對較長而且部分彎角不同。
膠囊腸鏡的缺點具體如下：
直腸疾病有較多種類，具體表現需要具體分析，常見以下幾種：
肛腸疾病通常屬於肛腸外科，也可以屬於胃腸外科。早期肛腸外科或者肛腸疾病通常在普外科就診，目前普外科分為較多亞專科，包括胃腸科、肝膽科、胰腺科、血管科等，有些醫院甚至將胃腸外科分為肛腸外科、上消化道外科等。
小腸疾病的主要檢查方法，包括以下方面：
結腸疾病主要有以下症狀：
直腸疾病的常見症狀為排便習慣改變、肛門墜脹感、排便不盡感或者大便性狀改變，比如排稀便、黏液便或者便血。如果直腸存在腫瘤導致梗阻，則可出現腹脹的表現。部分患者直腸脫垂，可出現大便次數增多、排便不盡感，甚至脫肛等症狀，需要注意避免用力排便，保持大便通暢。 脫肛症狀嚴重者，需要行手術治療干預，以最大程度地改善症狀。