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肛周膿腫即便做了根治術後，還是存在著復發的風險，這是由於疾病的發病特點決定的。肛周膿腫的發病大部分都是因為腺源性感染，肛門齒線以上存在原發性的內口，導致肛周脂肪組織的化膿、感染，局部的膿液越聚越多，壓力比較大就會產生劇烈的疼痛。肛周膿腫根治術就是在切開引流的基礎上的進一步擴大切開膿腔，儘量找到原發性的內口，把內口切除，對於疾病的治療比較徹底。
肛周膿腫具體換藥需要多長時間才能夠癒合，在臨床上根據肛周膿腫發生的部位、病情恢復程度共同決定。相對低位的肛周膿腫治療比較容易，換藥2-3周左右就能夠逐漸癒合，達到徹底治癒的目的。但是複雜高位的肛周膿腫手術比較麻煩，術後換藥由於創面大，創面殘腔比較多，換藥的時間可能相對延長，術後28-40天左右才能夠完全癒合。
肛周膿腫的病人在手術以後，創面的出血是正常表現，考慮是感染的症狀比較重，搔刮膿腔之後，局部新生肉芽組織有出血的現象。可以應用凡士林紗布，並且外敷雲南白藥粉劑進行局部填塞，能夠起到壓迫止血的作用。同時，也應該積極進行抗感染治療，因為反覆的感染也會導致肉芽組織增生，加重出血的表現。
肛周膿腫在手術後7天時手術造成的創傷口基本上已經開始癒合。飲食上可以吃主食以及麵食，注意不要吃過於油膩的食物，以免引起大便乾結或便秘給排便造成困難。可以吃新鮮的水果、蔬菜，但是注意不要過於生涼，也應該吃富含維生素、粗纖維素的食物，包括豆製品、芹菜、胡蘿蔔，既可以補充體內所需要的營養物質，有利於防止大便乾結。
肛周膿腫的病人在手術以後也應該選擇坐浴，最好就是選擇溫鹽水進行坐浴，鹽水相對能夠達到等滲的作用，局部也有消炎的作用。肛周膿腫的病人應該堅持每天應用鹽水坐浴，在一定程度上能夠促進創面癒合，預防感染。所以，對於肛周膿腫的病人手術及時進行引流，術後在換藥之前也應該選擇坐浴，能夠清除創面的膿性分泌物，有利於創面的癒合和恢復。
肛周膿腫是比較常見的外科急腹症，早期的肛周膿腫如果只是單純的硬塊，沒有形成膿腔的情況下暫時可以採取保守治療的方案。包括局部的熱敷，應用消炎軟膏，包括馬應龍痔瘡栓、紅黴素軟膏，或百多邦、匹得邦、美多信等藥物，局部塗抹可以使局部的硬塊、炎症吸收，達到控制的程度，最終也可能完全癒合。但是這種情況下必須是在彩超，或者臨床觀察情況下采取的保守治療措施。
目前肛周膿腫沒有微創手術，在臨床上，如果患者診斷為肛周膿腫，一旦診斷明確，就要隨即行切開引流術。手術的方式因為患者的肛周膿腫的部位不同，而有所差別。肛周膿腫位置如果比較表淺，在局麻下進行肛周膿腫切開引流術便可，而且要與肛門呈放射狀的切口，不需要進行填塞，只需要保留引流通暢便可。
肛周膿腫是由於各種原因比如肛竇炎等感染後，局部化膿形成膿腫，規範的治療方法是膿腫切開引流，膿腔內填塞無菌紗布，讓膿腔從裡向外逐漸癒合。而肛周膿腫假性癒合主要是膿腫破潰或者切開後，並沒有從裡到外生長，膿腔沒有完全癒合，單純的皮膚皮下組織癒合，膿腔內容易殘留包膜、膿液或者壞死組織癒合後會觸摸到皮下的組織發硬，甚至可以觸及到皮下膿腔內的殘留物。