克隆恩病是一個特異性腸炎，是由於自身免疫系統異常所導致的疾病，治療上主要是內科保守治療為主，可以使用免疫抑制劑治療，如口服柳氮磺胺吡啶或者美沙拉嗪，並可以配合肛門用藥減輕胃腸道反應，同時可以使用中藥保留灌腸，改善臨床症狀。如果克羅恩病導致嚴重的併發症，比如說導致腸梗阻，腸穿孔或者腸道的癌變，就需要通過外科手術治療。