克羅恩病的主要診斷依據：臨床表現：腹痛、腹瀉、腹塊、肛門症狀偶有肛門內隱痛。腹部可捫及腹塊，可有急性或慢性胃腸道梗阻，腸穿孔或消化道出血體徵，可有肛門周圍炎症的體徵。結腸鏡下表現為節段性、非對稱性分佈的黏膜炎症，阿弗他潰瘍、鵝卵石樣增生、腸腔狹窄僵硬等改變，而周圍黏膜正常。病理活檢：若有非乾酪樣性肉芽腫、裂隙狀潰瘍和瘻管及肛門部病變特徵性改變之一，可以確診。