治療亞急性甲狀腺炎比較好的方法，主要是對症治療。如果患者有發燒或者頸痛等症狀，可以給予解熱鎮痛的非甾體抗炎藥，比如依託考昔或者是洛索洛芬鈉這一類的藥物。如果治療效果不佳，必要時還可以應用糖皮質激素，進行對症的抗炎治療。
針對患者心率快的情況，可以應用β受體阻滯劑，比如心得安，或倍他樂克、達韋、溫絳平這一類的藥物。在治療過程中注意監測血沉和C反應蛋白，定期檢測甲狀腺功能，觀察病情變化。