甲狀腺手術損傷或自身免疫性損傷是常見的病因，其他還包括遺傳性疾病、甲狀旁腺放療和甲狀旁腺貯積性、浸潤性疾病，例如血色病、肝豆狀核變性、肉芽腫或轉移性癌。
1、手術因素：甲狀腺手術是最常見的導致甲狀旁腺功能減退的病因，甲狀腺手術、甲狀旁腺手術或治療頭頸癌的頸部根治性手術，均可造成甲狀旁腺功能減退，其可能為一過性，在數日、數週或數月內恢復，也可能為永久性，甚至可能為間歇性。一過性甲狀旁腺功能減退可由手術切除甲狀旁腺或影響其血供所致，而間歇性甲狀旁腺功能減退則由甲狀旁腺儲備下降所致。
2、自身免疫因素：自身免疫性因素是甲狀旁腺功能減退的第二大病因，免疫介導的甲狀旁腺破壞通常引起永久性甲狀旁腺功能減退。永久性甲狀旁腺功能減退是自身免疫性多內分泌腺病、假絲酵母菌病、外胚層營養不良綜合徵的一部分，該綜合徵又稱Ⅰ型自身免疫性多發內分泌腺病綜合徵，是自身免疫調節因子基因突變的結果。
3、遺傳因素：嬰兒和兒童可能出現甲狀旁腺發育異常相關缺陷引起的遺傳缺陷疾病，包括單純性甲狀旁腺功能減退、甲狀旁腺功能減退合併先天性多系統異常、甲狀旁腺功能減退合併先天性代謝異常，以及甲狀旁腺抵抗綜合徵。基因缺陷可以為常染色體顯性或隱性遺傳，及X連鎖隱性遺傳，而線粒體DNA突變和缺失極為罕見。
4、其他因素：甲狀旁腺破壞所致甲狀旁腺功能減退，其病因包括甲狀旁腺放療和甲狀旁腺貯積性、浸潤性疾病，例如血色病、肝豆狀核變性、肉芽腫或轉移性癌，但都非常少見。