做骨髓移植的風險，一般是骨髓移植後的各種併發症，主要區分為骨髓移植後，早期的併發症和移植後晚期的併發症。早期出現的併發症大多有肝靜脈閉塞病，出血性的膀胱炎，血栓性的微血管病以及感染等等。骨髓移植的晚期併發症有間質性肺炎，甲狀腺功能下降，生殖功能會出現減退，繼發性的腫瘤，肝功能出現異常，腹瀉，便血，甚至腸梗阻等。