骨髓移植的風險就是移植後的各種併發症，主要分為移植後早期併發症和移植後晚期併發症。早期併發症有肝靜脈閉塞病，出血性膀胱炎，血栓性微血管病，感染，急性移植物抗宿主病等等。晚期併發症有間質性肺炎，甲狀腺功能低下，生殖功能減退，白內障，繼發腫瘤，慢性移植物抗宿主病等。其中急性移植物抗宿主病發生率比較高，是移植的嚴重併發症，症狀表現為手掌，足底和頭頸部的皮疹，肝功能的異常，腹瀉，血便，甚至腸梗阻等。