半相合骨髓移植的風險主要是移植物抗宿主病，即通常所說的排斥反應。骨髓移植是唯一有希望治癒血液系統惡性腫瘤的方法。半相合骨髓移植是指將人類白細胞抗原，即HLA一半匹配而另一半不匹配的健康供者的正常骨髓輸注給患者。這種半相合的供受者一般是父母和子女的關係。由於HLA只有一半匹配，因此輸入的供者骨髓中免疫細胞就會將患者的各種組織細胞當作外來的物質而進行攻擊破壞，導致患者出現一系列嚴重症狀。這些症狀合起來在臨床上稱作移植物抗宿主病，或者老百姓所說的排斥反應。受者的腸道受到攻擊破壞會導致嚴重腹瀉；損傷皮膚引起硬皮病、皮疹、脫皮等；損傷肺部會導致肺炎、肺栓塞、肺功能衰竭等；攻擊肝臟會導致肝功能嚴重障礙。