骨髓移植排異反應常見的為移植物抗宿主病，分為急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病發生在移植後2-4周，主要表現為皮膚紅斑和斑丘疹，持續性厭食和腹瀉，肝功能異常等。急性移植物抗宿主病的預防更為重要。慢性移植物抗宿主病主要表現為類似於自身免疫病的表現，如系統性硬化病，皮肌炎，面部皮疹，乾燥綜合徵，關節炎，閉塞性細支氣管炎，膽管變性和膽汁淤積等。