首先，再障是個良性疾病，不會轉變成為骨髓增生異常綜合徵（MDS）、白血病。低增生性的MDS在臨床表現上可以出現白細胞、血紅蛋白及血小板減少，跟再障相似，但是其細胞形態可見到病態造血，部分類型可見到原始細胞，此病有高度轉化為急性白血病的風險。在基因方面，MDS可出現染色體異常，而再障基本不會出現異常染色體。治療上，MDS主要靠化療，而再障首選免疫抑制治療，二者也都是骨髓移植的適應症。