噬血細胞綜合徵主要表現為持續性發熱、肝脾腫大、進行性全血細胞減少所引起的一系列臨床表現，疾病進展迅速。還可引起多臟器功能損傷，如肺、肝、腎、血液、骨髓、中樞系統等。
一、典型症狀
1、持續性發熱：發燒是最常見的症狀，呈間歇性或者持續性的發燒，體溫常常大於38.5℃，熱型不定，可以呈波動性或間歇性的發燒。持續發熱超過一週，且抗感染治療無效。
2、肝、脾、淋巴結腫大：往往是呈進行性的發展，脾大更有臨床意義，部分患者可以伴有黃疸。
3、肝炎和凝血功能障礙：各種肝炎病毒、藥物性肝功能損害，均無法解釋的肝功能受損，可能是因為活化的巨噬細胞導致組織浸潤引起肝脾腫大、轉氨酶升高和膽紅素增高，併產生大量炎性細胞因子造成組織損傷，引起肝細胞功能的損害和凝血功能障礙。
4、血細胞減少：可出現貧血、出血等，骨穿無法解釋血細胞減少的原因。
二、其他症狀
1、皮疹：皮疹呈多樣性，可以呈全身斑丘疹，或紅斑樣水腫、蕁麻疹樣或麻疹樣皮疹、脂膜炎等。
2、中樞神經系統受累：中樞神經系統受累，可表現抽搐、易激惹、嗜睡、昏迷、活動障礙、癲癇、譫妄等症狀。
3、呼吸系統受累：如咳嗽、氣促、呼吸困難、肺部囉音等，肺功能受損是病情惡化的不良徵兆，提示感染控制不佳，死亡率較高。
4、消化系統受累：可出現慢性腹瀉、噁心、嘔吐、腹痛等，嚴重者可出現消化道出血、胰腺炎等。