小兒病毒相關吞噬血細胞綜合徵的預防主要在於減少病毒感染的風險，同時增強免疫力，保持環境衛生整潔，降低病毒感染的幾率。
（1）保持生活環境的衛生和個人衛生，如定期對居住環境消毒，減少病毒滋生以及患兒衣物、碗筷等定期消毒。
（2）不給孩子亂服用藥物。
（3）成人與兒童接觸時要注意接觸位置的乾淨，避免引起交叉感染。