慢性直腸炎主要與感染和自身免疫相關，主要感染致病因素為細菌、黴菌、病毒、真菌、寄生蟲等。少部分患者為自身免疫性直腸炎。如確診為細菌感染，應服用抗生素治療，常用左氧氟沙星及頭孢類。黴菌感染可口服氟康唑治療，真菌感染可採取伊曲康唑口服治療，寄生蟲一般對症用藥，主要以栓劑為主，自身免疫性直腸炎可口服益生菌結合黃連素治療。