細菌性痢疾的併發症主要有：1、痢疾桿菌菌血症，目前比較少見，主要見於營養不良的兒童和免疫功能低下的患者，在發病1～2天后出現病死率比較高（46%）。2、溶血性尿毒綜合症，是一種比較嚴重的併發症。主要表現為急性溶血性貧血、少尿，甚至無尿，尿素氮急劇升高，血小板減少。另外，還有一些其它少見的併發症，如血栓性血小板減少性紫癜，反應性關節炎，Reiter綜合症等。後遺症包括：持續性腸功能紊亂，腸易激惹綜合症以及神經系統後遺症，如耳聾、失語及肢體癱瘓等。