嗜酸粒細胞性胃腸炎是一種良性、自限性的疾病，大多預後良好。治療主要有調整飲食、激素治療及其它藥物治療，但本病可能復發，且部分未經治療的患者容易發展為嚴重的營養不良和消化不良，即使是復發的患者仍然對激素治療有效。
對於已經證實是食物過敏所致的嗜酸細胞性胃炎患者，從飲食中去除任何形式的可疑的過敏食物是重要的治療手段。飲食控制常用於有過敏史，特別是變應原檢測陽性者。其它的藥物治療主要是包括激素、酮替芬、色甘酸鈉、孟魯司特鈉、硫唑嘌呤等。對藥物治療不緩解者或引起梗阻，內科治療無效可行手術治療。