引起寶寶腸炎的病原菌，包括病毒感染和細菌感染，不同的病原微生物感染，病程時間也不同。輪狀病毒性腸炎，一般的病程在3-8天，少數孩子病程時間會更長一些。輪狀病毒一般發生在六個月道兩歲的小嬰兒，發病季節大多在秋冬季。
諾如病毒性腸炎屬於自限性疾病，症狀往往持續12-72個小時，它可以呈現全年散發狀態，爆發的高峰期一般多在寒冷季節，從11月到第二年的二月。產毒性細菌引起的腸炎往往發生在夏季，屬於自限性疾病，自然病程一般在3-7天。侵襲性細菌感染造成的腸炎，全年都可以發病，多見於夏季，病情比較重，常常伴有高熱，甚至可以出現高熱驚厥，容易出現嚴重的中毒症狀，甚至感染性休克，病程時間也相對會比較長。