慢性腸炎的病因較多，最常見的為細菌感染、病毒感染、真菌感染、寄生蟲、自身免疫病等，其中細菌和病毒感染病因為自身免疫力降低，免疫力降低可出現正常菌群失調。腸道菌群失調後可誘發反覆感染導致慢性腸炎，提高免疫力後多可以自愈，提高免疫力可採取補充益生菌，有氧鍛鍊等。真菌、寄生蟲和自身免疫原因導致的慢性腸炎，應採取藥物治療。