埃博拉出血熱的潛伏期為2-21天，一般為8-10天，尚未發現潛伏期有傳染性。患者急性起病，發熱並快速進展至高熱，伴有乏力、頭痛、肌痛、咽痛，並可出現噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、皮疹等症狀。病程第3-4天可進入極期，出現持續高熱、感染中毒症狀及消化道症狀加重，有不同程度的出血，包括皮膚黏膜出血、嘔血、咯血、便血、血尿等。
嚴重者可出現意識障礙、休克及多臟器受累，多於發病後兩週內死亡，死於出血、多臟器功能衰竭等。患者的主要病理改變在皮膚黏膜和臟器的出血，多器官可見灶性壞死。