1、體格檢查：根據醫生分析患者接觸患者史和病毒流行區，且有發熱、寒戰、疲乏無力、皮疹、關節及神經系統疼痛和出血等臨床症狀來初步診斷病情程度。
2、實驗室檢查：
（1）血常規：可明確是細菌感染還是病毒感染，也可觀察早期早期白細胞數量有輕度的減少，從而為診斷醫生提供方向。
（2）尿常規：收集患者尿液，可觀察到早期尿液中蛋白質含量過高。
（3）病毒電鏡檢查：從患者的血液、尿液、含汗腺的皮膚、肝穿刺組織中，若用電鏡檢查出埃博拉病毒顆粒，可以直接快速診斷。
（4）病毒分離培養：該檢查可直接測定血液、細胞中埃博拉病毒，從而明確診斷。
（5）病毒抗原檢測：可以從患者血液及分泌物中找到埃博拉抗原。
3、影像學檢查：
（1）X線檢查：X線檢查查看感染病毒後有無波及臟器病變。
（2）CT檢查：CT檢查診斷查看是否有感染病毒後導致的臟器病變及病變嚴重程度。
（3）超聲檢查：查看臟器有無異常回聲，篩查感染病毒後導致的臟器病變。