青蒿素及其衍生物是治療瘧疾耐藥性效果最好的藥物，以青蒿素類藥物為主的聯合療法也是目前治療瘧疾最有效、最重要的手段。不過，就如其他藥物一樣，部分患者在應用青蒿素過程中也可能會出現一些副作用，比較常見的是胃腸道反應，如輕度噁心、嘔吐、乏力、食慾減退、腹部不適、腹瀉等，不過多數患者都能夠耐受，無需停藥，即可自行緩解。另外，還有少數人可能會出現注射局部疼痛、硬結以及一過性轉氨酶升高、輕度皮疹、頭暈、頭痛、耳鳴等症狀，應根據症狀輕重請醫生酌情處理。