應及早發現、及早治療，針對病原進行藥物治療，確定病因選用特效藥物。對併發症和其他症狀應該對症治療，晚期患者必要時採取外科手術治療。密切觀察病情變化，積極防止併發症出現。
一、一般治療
1、去除病原體：在通過病史及實驗室檢查確診後，及時採用藥物治療。在血吸蟲病高發地帶，應積極防治，進行預防性用藥，預防血吸蟲病。
2、併發症的治療：癲癇患者可予以抗癲癇藥物，若有蛛網膜下腔阻塞時常需用糖皮質激素和椎板切除減壓術治療。
二、藥物治療
1、吡喹酮：吡喹酮是異喹啉吡嗪類衍生物，是1977年被發現的一種抗蠕蟲藥。對寄生於人體的血吸蟲有高效殺滅作用，對線蟲和原蟲感染無效。吡喹酮對日本、埃及血吸蟲單一或混合感染均有良好療效，對血吸蟲成蟲有良好殺滅作用。吡喹酮宜飯後或餐中服用，不良反應一般輕微且持續時間短，主要為頭痛、頭暈、乏力、多汗等。
2、硝硫氰胺：硝硫氰胺為近年合成的一種抗血吸蟲病新藥，對血吸蟲成蟲有殺滅作用。主要為胃腸道、神經系統反應，如腹脹、腹痛、頭暈、失眠、神經衰弱綜合徵、共濟失調等。偶爾出現黃疸。禁用於精神病人及孕婦、哺乳期婦女。
3、青蒿琥酯：青蒿琥酯是青蒿素的琥珀酸單酯衍生物，作用快，能迅速控制瘧疾發作。通過轉化成雙氫青蒿素髮揮抗瘧作用。療效優於青蒿素。青蒿琥酯不僅可以殺滅瘧原蟲，也可以殺滅日本血吸蟲。對不同發育期的血吸蟲均有較好的殺滅作用，並可用於血吸蟲傳播季節及短期接觸疫水的預防。
三、手術治療
當患者晚期出現巨大肉芽腫，出現顱內高壓危象時，應該行外科切除手術治療。術前根據影像學資料進行定位，根據肉芽腫部位決定體位和手術切口力爭病灶完整切除。較大的病灶，應先行抽吸再分塊切除。