目前來說，臨床上感染的傷寒或副傷寒桿菌都有不同類型的耐藥菌株出現，所以通常都需要進行藥物敏感性試驗，根據試驗結果選擇最敏感的抗菌藥物進行治療。不過，在沒有藥敏感性試驗結果之前，傷寒經驗性治療的首選藥物是第三代喹諾酮類藥物，如左旋氧氟沙星、氧氟沙星、環丙沙星、培氟沙星、洛美沙星和司氟沙星燈；兒童和孕婦患者應首先選用第三代頭孢菌素，如頭孢噻肟、頭孢哌酮、頭孢他啶、頭孢曲松等。在取得藥物敏感性試驗結果後，再決定是否進行治療方案的調整。