細菌感染的治療需要應用抗菌藥物治療，抗菌藥物如何選擇？需要先判斷可能感染的細菌是革蘭陽性菌，還是革蘭陰性菌，是需氧菌還是厭氧菌。
判斷這些細菌的感染，需要結合患者感染的部位，以及是院內感染還是院外感染，是否有基礎疾病、機體的免疫功能狀態如何，還有體內是否留有各種引流管或者導管，需要綜合以上因素來判斷可能感染的細菌，然後再根據判斷的細菌感染可能性，經驗性的選擇抗菌藥物治療。對於複雜感染的患者，需要進行血液、痰液、體液，或者各種分泌液進行細菌的培養，細菌培養之後再進行藥物敏感試驗，然後再根據藥物敏感試驗的結果，選擇更有針對性的抗菌藥物治療。