結石的治療首先取決於結石的大小，通常小於0.6cm的結石，排石成功率比較高，可以實行藥物排石，也就是在多運動、多飲水的基礎上配合排石藥和輸尿管解痙藥來促進結石的排出。1cm左右的結石可以選擇體外碎石治療，體外衝擊波碎石安全簡便，不需要住院，費用相對低，是一個比較好的碎石方法，但是偏大的結石，比如1-2cm之間的結石，建議選擇輸尿管鏡治療，輸尿管鏡屬於微創手術，經尿道進入膀胱進入輸尿管甚至可以進入腎盂，把大塊結石擊碎，易於排出。超過2cm的結石建議採用經皮腎鏡碎石取石的方法，碎石效率高，碎石比較快速，一次性清除的成功率比較高。
另外，結石是否與組織發生粘連也是選擇治療方法很重要的因素，如果結石停留時間過長，與輸尿管等組織發生了粘連，通常只有手術的方法才能解決。不管採用哪種治療方法，都要注意多飲水，還要注意飲食結構，避免高尿酸、高草酸、高糖、高蛋白這類的飲食，還要定期複查，防止結石很快又復發。