新生兒腹膜炎的臨床表現主要為腹脹，腹壁顏色發青或發紅，腹壁靜脈曲張，腹肌張力增高，觸摸腹部時，新生兒有明顯的痛苦表情，排氣減少，也可以有敗血症的表現，新生兒不吃、不哭、反應差或者有發熱。
實驗室檢查主要表現為白細胞明顯的增高或者降低、血小板降低，感染指標如降鈣素原或者C反應蛋白明顯的升高。如果做腹腔穿刺，可見血性或者草綠色的液體，內科保守治療效果不好。