腸套疊的發生常與腸管的解剖特點，病理因素以及腸功能失調，蠕動功能異常等有關。腸管解剖特點，如盲腸活動度過度等，多發生於小兒腸套疊。病理因素包括息肉腫瘤等，多發生於成人腸套疊，其中90%的病因是良性腫瘤，惡性腫瘤，炎性損傷等等，原因不明的腸套疊可能與飲食習慣的改變，精神刺激，腸蠕動增強，藥物的作用，腸繫膜過長有關，腹部外傷和手術後也可以發生不明原因的腸套疊。