肝內膽管結石的手術指徵包括:肝內膽管結石引起反覆發作膽管炎；引起病變膽管狹窄，遠處膽管擴張；引起相應肝組織萎縮，纖維化；不排除結石所造成的癌變；肝內膽管結石下行造成繼發性膽總管結石等。臨床上還需要根據結石的大小、部位、數目，是否引起肝臟萎縮，膽管狹窄等相關情況，採取不同的手術方式。原則上應當取淨結石、解除狹窄、通暢引流、控制感染。