慢性胰腺炎不會自愈，而且慢性胰腺炎是胰腺組織結構和功能出現不可逆的持續性的損害。結構異常是指慢性炎症、腺泡萎縮、胰管變形，甚至廣泛的纖維化鈣化以及假性囊腫的形成。
慢性胰腺炎功能的異常，是指胰腺外分泌功能異常可以造成吸收不良，比如腹脹、腹瀉，甚至大便帶有油滴，以及內分泌的異常，也就是出現糖尿病的臨床表現。所以慢性胰腺炎是各種原因導致的胰腺組織結構和功能的不可逆的損傷，主要病因是膽石症和酒精，會出現吸收不良以及血糖的增高。治療主要是胰酶的代替，以及內鏡甚至外科手術的治療。