在臨床上，肝膽管結石主要是手術治療，通常在腹腔鏡下進行膽總管切開，然後利用膽道鏡取出肝內或者是肝外膽管的結石。這種治療方法創傷小，而且患者的恢復快，住院時間也短。但是在這裡需要特別注意的是有些肝膽管結石所在的部位比較特殊，比方說在肝臟的末端膽管，而且造成肝臟的萎縮，這時候就要進行肝臟的部分切除，一般來說，在腹腔鏡下也能夠進行此項手術。