膽管結石分為肝內膽管結石和肝外膽管結石，肝內膽管結石可以通過膽總管切開膽道鏡取石，經皮肝穿刺膽道鏡取石等進行治療。如果肝內膽管結石反覆發作膽管炎，引起侷限性的肝萎縮，還可以將病變的肝段或者肝葉切除。肝外膽管結石可以通過膽總管切開膽道鏡取石、內鏡ERCP取石等方式進行處理，出現膽管炎時應當用敏感抗生素進行治療。如果已經出現癌變，還應當按惡性腫瘤的方式進行處理，比如肝切除、膽管癌根治、胰十二指腸切除等。