診斷消化性潰瘍最可靠的方法主要是胃鏡檢查，胃鏡檢查作為最基本的檢查，能夠發現潰瘍的具體位置，深淺，大小以及範圍。對治療具有一定的指導意義，胃鏡檢查是確診消化性潰瘍的金標準檢查。另外胃鏡下還可取病理檢查，以具體區分是否合併有惡變的可能。還可以取活組織做幽門螺旋桿菌培養，以確定是否感染該菌確定是否根治治療。