對於輕微腦血栓的患者，首先需要行頭顱核磁共振檢查，確保顱內沒有特殊病變，通常情況下需要用他汀類藥物進行治療，並且需要使用預防血小板聚集類的藥物，抗血小板聚集藥物常用的有阿司匹林和氯吡格雷，同時要給予神經保護治療，常用的藥物主要有依達拉奉、胞磷膽鹼和腦蛋白水解物。
還可以給予改善血液循環的治療，主要的藥物有舒血寧、疏血通、維腦路通以及川芎嗪等。同時應控制危險因素，比如高血壓的患者口服降壓藥物，臨床應用左旋氨氯地平、苯磺酸氨氯地平片、厄貝沙坦等。如果有糖尿病史的患者，一般需要口服降糖藥物，維持血糖於正常水平，臨床常用的降糖藥物有二甲雙胍、瑞格列奈，以及拜糖平等等。