兒童生殖細胞瘤的典型症狀包括睪丸腫塊、腹痛、腹部腫塊、內分泌紊亂、大便失禁等，部分患者可能出現營養不良、偏癱等症狀，可併發Parinaud綜合徵、急腹症等疾病。
一、典型症狀
1、性腺生殖細胞瘤：
（1）睪丸腫塊：睪丸原發的生殖細胞瘤較易早期發現睪丸腫塊，表現為睪丸不對稱腫大、硬。
（2）腹痛：卵巢原發的生殖細胞瘤因卵巢腫塊扭轉可因急腹痛而就診，表現為突發下腹劇烈墜痛，程度難以難受，持續無緩解且進展加重。
2、性腺外生殖細胞瘤：
（1）腹部腫塊：表現為腹部一側腫塊，緩慢增大。多數患兒一般情況良好，腫塊邊界清晰，表面光滑，實體性者呈分葉狀或有結節，有些部位有囊性感。
（2）內分泌紊亂：松果體區生殖細胞瘤主要表現為性早熟、皮膚粗糙、黝黑、鬍鬚較多等內分泌紊亂症狀。
（3）大便失禁：骶尾部生殖細胞瘤瘤體體積較大時，肛門因之向前下移位，並呈外翻，引起牽拉性大便失禁。
二、伴隨症狀
1、對於發生在松果體區的生殖細胞瘤，隨著腫瘤逐漸長大，可出現頭痛、發育遲緩、噁心、嘔吐、嗜睡及嬰兒頭圍增大等表現。
2、縱隔生殖細胞瘤患者可伴隨胸痛、咳嗽、咯血、喘息等表現。
三、其他症狀
1、營養不良：部分腹膜後畸胎瘤患兒因腫瘤巨大，壓迫腸道，食慾低下以致影響小兒營養髮育，表現為體重不增或減輕，皮下脂肪逐漸消失，一般順序為腹、胸背，腰部、雙上下肢、面頰部。
2、偏癱：基底節區生殖細胞瘤主要表現為單發或多發的不同程度的肢體無力等偏癱表現。