脊髓空洞的治療需去除使腦脊液循環障礙的始動機制。如果病理使動機制不能完全解除，常常導致脊髓空洞無法改善脊髓空洞往往是其他疾病的伴隨症狀。治療目的是為消除空洞預防脊髓損傷的進展，首先應進行病因治療，包括諸如椎間盤突出症，感染，外傷，腫瘤動靜脈畸形，脊髓栓系隱性脊柱裂隱性脊柱閉合不全等脊柱畸形治療；其次是對症治療，防治主要包括:恢復正常腦脊液通路，包括顱頸區減壓、腦脊液轉流；（包括脊髓空洞，胸膜腔及脊髓空洞，腹腔分流外傷後的脊髓空洞）通過手術行椎管及蛛網膜下腔空間重建或行空洞胸腔腹腔分流術。繼發於腫瘤，活動，靜脈畸形的行原發病變切除；繼發於蛛網膜炎蛛網膜炎黏連，可行空洞胸腔腹腔分流，對於特發性脊髓空洞症且症狀明顯的脊髓空洞症患者可考慮進入交界區手術探查及減壓，打開蛛網膜及硬腦膜修補減張縫合，能使空洞縮小，但存在減壓術後小腦扁桃體下疝加重可能。空洞分流術包括脊髓切開及分流管植入兩種，而分流管置入目前應用較少，且該手術方式不如膜性減壓充分。同時存在分流管堵塞，感染，空洞，分隔的問題，空洞分流術限於病變侷限於脊髓神經功能障礙系由脊髓受損所引起。