先天脊髓空洞症患者能活多久是和病變的嚴重程度，患者的治療時機，是否有嚴重的神經功能障礙和有沒有合併其他類型的先天畸形都有一定的關係。如果病變的程度較輕，那麼患者的總體生存期並不受明顯的影響。如果是急性脊髓空洞症且病情發展較快，患者往往會出現吞嚥困難、飲水嗆咳、在這基礎上繼發吸入性肺炎，那麼患者的生存期一般在6個月左右。