室管膜下囊腫一般為進行孕期彩超檢查，或成人進行頭顱CT、頭顱MRI檢查時意外發現為主，多數情況下保持穩定，無需特殊治療。對於胎兒或兒童時期發現的室管膜下囊腫，只要囊腫體積不大、對生長發育（特別是中樞神經系統發育、腦功能等）沒有明顯影響，可以定期隨訪，無需手術干預。無論胎兒、兒童還是成人，如果室管膜下囊腫體積較大，引起較為明顯的神經功能障礙，或引起腦積水錶現，則應通過腦室鏡等方法進行囊腫切除，控制病情發展。