舌咽神經痛的臨床症狀一般為：疼痛呈電擊樣劇痛，大部分發生在一側，疼痛部位比三叉神經痛痛點深，常在耳深部，舌根，顎扁桃體，咽側壁，扁桃體窩等處發作性劇痛，並向耳深部位放射。每次疼痛持續時間在數十秒甚至數分鐘，連續發作的時間可持續數分鐘到數日不等。一些動作都可能引發疼痛，比如吞嚥，說話，咳嗽，噴嚏，轉頭等都可誘發疼痛。